L'été 1914, le Pourquoi-Pas ? surpris dans sa croisière annuelle par l'ouverture des hostilités, rallie Cherbourg pour y recevoir un nouvel emploi. Il sert pendant toute la durée de la guerre comme navire d'application à l'Ecole des chefs de quart de Lorient.

Charcot est mobilisé comme médecin de marine de première classe et affecté à l'hôpital de Cherbourg. Ce rôle trop passif et trop sédentaire ne lui convient pas. Il sollicite et finit par avoir un commandement à la mer. Mais il lui faut auparavant passer par la filière officielle et obtenir le brevet de capitaine au long cours qui, seul, peut lui permettre, avec le grade de lieutenant de vaisseau auxiliaire, l'affectation souhaitée.

Charcot soumet à l'Etat-major un plan de bateau-piège pour la chasse aux sous-marins. C'est finalement du côté de l'Amirauté anglaise qu'il trouve écho et obtient, en juillet 1915, le commandement d'un navire spécialement étudié et construit par les Anglais pour ce genre de mission. Le bateau est loué à la Marine française et bat pavillon national. Charcot lui donne le prénom de sa femme, Meg.

Le 30 juillet 1915, la Meg appareille de Cherbourg et se rend à l'ouest des îles Hébrides et de l'Ecosse. Au mois de janvier suivant, la Meg est rendue aux Anglais alors que Charcot tombe gravement malade. Pendant sa convalescence, Charcot réussit à convaincre la Marine militaire française de construire à Nantes 3 cargos-pièges pour la lutte anti-sous-marine, avec des équipages déguisés en marins de commerce. La première construction, la Meg II lui est attribuée. Affecté à Lorient puis à Brest, ce bateau bourlingue pendant deux ans le long des côtes bretonnes et normandes.

Charcot termine la guerre avec les Croix de Guerre anglaise puis française et une citation à l'ordre de l'Armée pour ses actes de courage.