De retour en Norvège, Nansen enseigne à l'institut zoologique de l'université de Christiana. Il publie plusieurs articles et écrit deux livres " The First Crossing of Greenland " (La première traversée du Groenland) en 1890 et " Eskimo Life " (La vie esquimaude) en 1891. En même temps, sa réputation acquise par l'exploit du Groenland devient vite internationale, et lui laisse envisager une expédition plus importante.
Nansen présente alors son nouveau projet devant la Société Géographique Norvégienne : une dérive transpolaire. Impressionné par l'expérience du navire la Jeannette (Voir le dossier sur George Washington De Long et la Jeannette en déroute) écrasé par les glaces au Nord de la Nouvelle-Sibérie, et dont des débris ont été recueillis trois ans plus tard à l'extrémité Sud-Ouest du Groenland, il est persuadé qu'il existe un passage et veut tenter de refaire ce voyage.

Pour Nansen, si les précédentes expéditions polaires tentant de gagner l'extrême Nord ont échoué, c'est parce qu'elles se sont dirigées dans des mers où le courant porte au Sud. Il établit alors le trajet suivant : atteindre les îles de la Nouvelle-Sibérie, naviguer aussi loin que possible vers le Nord, se laisser emprisonner par les glaces, et dériver grâce au courant portant au Nord de l'Océan Glacial de Sibérie jusqu'au Groenland. Nansen, dont l'expédition est effectuée dans un but purement scientifique, ne projette pas à cet instant d'atteindre le pôle Nord.

Le projet, qui s'écarte beaucoup des idées admises et ne remporte pas la faveur des explorateurs arctiques de l'époque, est cependant accepté. Le Gouvernement et le Parlement norvégiens accordent à Nansen une subvention de 392.000 francs.
A cette somme viennent s'ajouter 622.000 francs, offerts par le roi de Norvège et des concitoyens.